Fysisk replikering betyder, at indeksfonden investerer direkte i værdipapirer og ejer værdipapirerne selv. Hvis antallet af værdipapirer i et indeks er meget højt, kan fonden vælge ikke at investere i alle værdipapirer for at spare omkostninger. Dette kaldes “sampling” og benyttes ofte, når eksempelvis MSCI World indekset følges. Fonden vil så forsøge at investere i et antal værdipapirer, der så vidt muligt samlet set giver det samme afkast som indekset. Sampling også anvendes når nogle værdipapirer i indekset er illikvide. Nogle fonde har syntetisk replikering, dvs. fonden ikke selv investerer direkte i de værdipapirer, som skal give afkastet til investorerne.